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O Boletim Bandeira Negra nasce da necessidade que alguns anarquistas baianos veem na Federalização do movimento no estado.
Nas discussões sobre a fundação de uma Federação Anarquista Baiana percebe-se a necessidade de que haja algum elemento de aproximação dos anarquistas das diversas cidades do Estado da Bahia. Resolve-se então em reunião em um Sítio nos arredores de Salvador, no ano de 1999, a fundação de um jornal.
Alguns meses depois, em outra reunião, agora em Cruz das Almas, já no ano 2000, anarquistas daquela cidade, juntamente com outros de Alagoinhas e Salvador, fundam o Boletim Bandeira Negra.
Mais tarde, se juntariam a eles gente de Feira de Santana, Vitória da Conquista e Santo Antonio de Jesus. Estava estabelecida a tentativa de organização anarquista baiana de maior extensão geográfica no estado.